La saga de Indiana Jones consta hasta ahora de cuatro juegos, aunque sólo dos de ellos pertenecen al género de la aventura gráfica: Indiana Jones and the Last Crusade, basado en la película del mismo nombre, e Indiana Jones and the Fate of Atlantis. Los otros dos juegos, Indiana Jones y la máquina infernal e Indiana Jones y la tumba del emperador siguen el estilo Tomb Raider, y no pueden calificarse como aventuras gráficas.
Indiana Jones and the Last Crusade: The Graphic Adventure se publicó originalmente en 1989. Era el tercer juego de Lucasfilm Games que utilizaba el motor SCUMM creado para Maniac Mansion. El juego se basa evidentemente en la película del mismo nombre, que se estrenó ese mismo año, aunque va un poco más allá en la historia. Existe también una versión perteneciente al género de acción, Indiana Jones and the Last Crusade: The Action Game, que se publicó también en 1989, aunque con un éxito de crítica mucho menor (este juego completa la trilogía de videojuegos de acción basados en las películas de Indiana Jones, que se inició en 1982 con Raiders of the Lost Ark y continuó en 1985 con Indiana Jones and the Temple of Doom).
Sobre la historia poco hay que decir, ya que basta con ver la película para saber de qué trata (el Santo Grial y la desaparición del padre de Indy). Lo que sí es interesante del juego es que permite seguir distintas líneas argumentales para llegar a un cierto punto de la historia, con lo cual no hay una única manera lineal de pasar el juego. Dependiendo de las decisiones que toma el jugador, recibe una puntuación (este sistema es parecido al utilizado en algunos juegos de Sierra, pero LucasArts sólo lo utilizó en este juego). Además, el juego contiene también elementos propios de juegos arcade, como algunas peleas, y una escena en la que Indiana Jones huye con un avión de un dirigible, mientras aviones alemanes le persiguen. Cuanto más tiempo aguanta el jugador sin ser derribado, más avanza en su camino hacia la frontera, lo que significa que cuando por fin cae tiene menos problemas con los guardias fronterizos.
El juego ofrecía además una original protección anticopia. Junto con el juego se incluía una réplica del diario de Henry Jones (el padre de Indiana), escrito a mano, tal como aparece en la película. El diario contenía información muy útil para el desarrollo del juego, ya que algunos puzzles cambian de una partida a otra (por ejemplo, el grial correcto es distinto en cada partida, y la forma de reconocerlo es utilizando el diario).
Indiana Jones and the Last Crusade fue también el primer juego de Lucasfilm que incluía entre las acciones posibles los verbos Mirar y Hablar. Un detalle cómico del juego es que introdujo la frase "Hola, estoy vendiendo estas chaquetas de cuero", que puede utilizar Indiana cuando se encuentra con algún guardia en el castillo donde está retenido su padre (de hecho, uno de los guardias acaba picando, e incluso da dinero a Indy, que luego resultará muy útil). Esta frase hace referencia a que durante el desarrollo del juego Lucasfilm vendía chaquetas de piel a sus empleados, y el equipo decidió bromear sobre ello en el juego; la frase es recurrente en juegos posteriores de LucasArts, y aparece por ejemplo en los diálogos de los dos primeros Monkey Island.
LucasArts publicó Indiana Jones and the Fate of Atlantis en 1992, tres años después de Indiana Jones and the Last Crusade. Se trata del séptimo juego que utiliza el motor SCUMM, y ofrece grandes mejoras en el apartado gráfico y de sonido respecto de su predecesor.
El argumento del juego se basa en unos textos de Platón sobre la Atlántida. En este ocasión, Indiana Jones debe recuperar una estatua de un ídolo extraño. En su interior se descubre una pequeña cuenta de un metal legendario llamado Orichalcum, que según la leyenda proporciona un enorme poder a máquinas y permite crear bombas. Esto desencadena una carrera contrarreloj entre Indy y los nazis para encontrar el mítico continente perdido de Atlántida. En esta misión Indy recibe la ayuda de Sophia Hapgood, una ex-colega suya que desde que encontró un extraño medallón en Islandia se dedica a dar conferencias sobre la Atlántida, y asegura poder comunicarse con Nur-ab-sal, el rey-dios de los atlantes.
Un elemento innovador del juego es que en un cierto punto el jugador, durante una secuencia de diálogo, puede elegir entre tres caminos: el camino Wits (ingenio) pone más énfasis en los puzzles; el camino Fists (puños) depende más de peleas; por último, el camino Team (equipo) combina elementos de los dos anteriores, con el añadido de tener como acompañante durante todo el tiempo a Sophia Hapgood. Cada camino presentaba un final alternativo.
Aunque la versión originalmente publicada del juego no incluía voces, en 1993 se publicó el juego en versión CD-ROM, en la que todos los diálogos fueron doblados por un equipo de actores. Otro detalle curioso sobre Indiana Jones and the Fate of Atlantis es que en el código del juego se ha encontrado una habitación que en la versión final del juego no se utiliza. Se trata del dormitorio de Sophia, en el que aparecen algunos elementos que hacen pensar que estaba planeado incluir un puzzle en dicha habitación, aunque finalmente no fue así.
Por otra parte, a raíz del éxito obtenido con este juego, se inició un proyecto de desarrollo para su secuela, Indiana Jones and the Iron Phoenix. Desafortunadamente, el proyecto se canceló en 1995, y hasta ahora no ha sido retomado por la compañía. Algunos grupos de fans, sin embargo, mantienen proyectos para desarrollar distintas secuelas a los juegos de LucasArts, aunque por el momento no se ha completado ninguno de ellos.