Expediente X, con su estilo novedoso de mezclar lo real con lo paranormal ha inspirado a numerosas otras series incluyendo Strange World,Burning Zone, Special Unit 2, Mysterious Ways, Lost, The Outer Limits, Carnivàle, Dark Skies,The Visitor, Freaky Links, Psi Factor: Chronicles of the Paranormal, The 4400 y Supernatural, ninguno de los cuales disfrutó de la misma popularidad o seguimiento que Expediente X logró.
Algunos de estos programas contaron con personal de Expediente X, como Lost, cuyo director de fotografía es John Bartley; 24, que tuvo como guionista a Howard Gordon; A dos metros bajo tierra, coproducida por Lori Jo Nemhauser; y Supernatural, que tuvo directores como David Nutter, Kim Manners y John Shiban.
Fox también presentó dos series relacionadas: Millennium, producida por Chris Carter, y la serie de "Los Pistoleros Solitarios". Las historias de Millennium y Expediente X se cruzaban ocasionalmente. Frank Black, el protagonista de Millennium, apareció en un episodio Expediente X llamado Millennium (7x04) para atar cabos sueltos después de que la producción de Millennium fuese cancelada. Cuando el trío de los pistoleros también se quedó sin serie (apenas una temporada) volvió a Expediente X para tener un episodio final durante la novena temporada.
En Los Simpson, comedia animada y contemporánea de la misma cadena, dedican el episodio The Springfield Files a hacer una parodia de la serie y aparecen unos dibujados Mulder y Scully investigando la aparición de un extraterrestre en la ciudad de Springfield.
Expediente X también ha recibido multitud de premios, entre los que destacan más de 30 "Emmys" 12 nominaciones a los Globos de Oro, donde entre los premios conseguidos destacan el de Mejor actor y actriz de drama para Gillian Anderson, David Duchovny y Robert Patrick, asi como los conseguidos como mejor serie dramática, mejor banda sonora, mejor guión o mejor director.
Esta serie supuso un hito dentro de la pequeña pantalla, sólo comparado con Twin Peaks, M.A.S.H. o Star Trek, como una perfecta coctelera, Frank Spotnitz y Chris Carter agitaban al unísono sucesos paranormales, terror, conspiraciones, comedia y un retrato de la sociedad americana, que, por realista no dejaba de ser pesimista.