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A los capítulos centrales de Expediente X que tratan sobre el tema de la teoría de la conspiración se les llama "MITOLOGÍA", por otra parte los capítulos, digamos sueltos se les llama "Monstruo de la Semana", debido a que estos capítulos son únicos, por lo tanto sólo duran un capítulo (con alguna excepción, ya que algunos capítulos de monstruo de la semana duran el doble)

Ahora me dispongo a empezar a contar la historia de Expediente X respecto a su primera temporada, no pongo más debido a que espero que os enganche de algún modo para así ser vosotros mismo quienes descubrais todo lo que se cierne en torno a Expediente X.

La historia comienza en 1992 cuando la agente Scully es asignada al agente Mulder con el objetivo de observar su trabajo en los Expedientes X. En ellos se guardan casos inexplicados y sin resolver que ya no son de interés para el FBI. Los superiores querían que Scully, doctora en medicina y con un currículum sobresaliente en la academia del FBI, socavara el trabajo de Mulder y demostrara su total inutilidad para la oficina.

El interés del agente Mulder en los Expedientes X se justificaba por su convencimiento de que su hermana, Samantha, había sido raptada por extraterrestres cuando él tenía doce años y ella ocho. Esta creencia alimentó su búsqueda de la verdad y transformó su trabajo en una obsesión pronto compartida por Scully.

Al comienzo de la serie aparece un misterioso informante que parece estar en contacto con altos niveles de poder y conocer mucho acerca de una conspiración para ocultar al público la existencia de vida extraterrestre en la tierra. Guía las investigaciones de estos agentes del FBI cuando le es posible y según cree conveniente. "Deep Throat" o Garganta Profunda, nombre inspirado en el informante del Watergate, ayudó a Mulder durante un año, pero se arriesgó demasiado al develar que el gobierno experimentaba con ADN extraterrestre para crear híbridos humano-extraterrestres y fue asesinado a cambio de la vida deMulder.

El padre de Fox, William "Bill" Mulder, participó muy de cerca a partir de los años cincuenta en un proyecto secreto cuyas implicaciones actuales incluyen las verdades que trata de develar su hijo. Del proyecto en el que participó, junto a Garganta Profunda y muchos jerarcas nazis rescatados después de la guerra, sólo se sabe que el conocimiento público de este plan sería tan catastrófico que vale la pena todo lo que estos hombres hacen para mantener oculta la verdad.