La Dra. Scully recibe la misión de vigilar las actividades del Agente Fox Mulder y decidir si su trabajo tiene valor para el FBI. A partir de ahí Scully conectara, pese a sus órdenes con el Agente Mulder
Mulder y Scully se dirigen a la Base Aerea Ellens en Idaho, a pesar de las advertencias de gente poderosa y misteriosa. La investigación se inicia con la desaparición de un piloto de pruebas y conduce a una posible implicación de militares que posiblemente estan experimentando con OVNIs.
En esta primera temporada entran en escena personajes importantes como Garganta Profunda, Skinner o Los Pistoleros Solitarios.