Después de que les cierren los Expedientes X Mulder realiza un viaje encubierto a Puerto Rico para intentar localizar los restos de un OVNI antes de que un equipo especial del Gobierno lo haga desaparecer. Allí tendrá un encuentro muy cercano...
En esta Segunda Temporada, la serie se acerca más a los fenómenos extraños, a la vez que también se dan cuenta nuestros agentes de FBI que el gobierno puede estar detrás de la ocultación de extraterrestres, en esta temporada Mulder y Scully empiezan a comprobar que puede que alguien los está vigilando, que no es otro que "El Fumador".
Mulder recibe una grabación de la llamada de auxilio de un hombre que aseguraba que un incendio arrasaba su apartamente. Los bomberos no encontraron rastros de fuego, pero cuando Scully examina el cadaver, descubre daños internos causados por altas temperaturas. Otro caso similar conduce a Mulder y a su nuevo compañero, Alex Krycek (intro) hasta un experimento realizado durante la Guerra de Vietnam. En la investigación le ayudará un misterioso informante al que el agente denominará "X".
Todo el FBI está en alerta para localizar a la desaparecida agente Scully. Se localiza a Barry en Virginia y Mulder y Krycek parten hacia allí. Pero el agente desconoce que su compañero es un "topo" del misterioso Fumador de Cigarrillos...
Tiempo más tarde un miembro de "El Tirador Solitario" logra introducirse en las bases de Datos del Gobierno y robar toda su documentación acerca de OVNIs. Esta, recogida en una cinta DAT, es entregada a Mulder, quien es presa de un extraño y violento comportamiento. La cinta está encriptada en navajo, y mientras Scully intenta descifrarla, Mulder acude a la llamada de su padre Bill, quien afirma que tiene algo muy importante que decirle. Antes de que tenga ocasión de hablar con su hijo, Bill Mulder es asesinado por Alex Krycek...