Al final de la cuarta temporada se descubre que es el Sindicato, aunque nunca se sabe a ciencia cierta "quienes" son esas personas que dirigen el futuro del mundo a espaldas de los propios gobiernos mundiales.
"El Fumador" trabaja para ellos aunque, nunca parece que se toma muy a pecho lo que les mandan sus superiores, en todo momento parece tener controlada la situación, incluso más que las personas que dirigen el sindicato, por ello a ojos del espectador el propio Fumador parece ser una persona que está utilizando al propio Sindicato.
Se trata de personas muy influyentes que han negociado con los extraterrestres para asegurar que la colonización se ejecute salvaguardando sus propios intereses. Entre ellos destaca un sibarita, conocido sólo como "El Hombre bien arreglado" (Well-Manicured Man), empeñado en desarrollar una vacuna que inmunice contra el virus alienígena que emplearán los colonizadores para someter el planeta Tierra.
Mulder llega a dudar seriamente acerca de la utilidad de su trabajo y de su lucha antes de embarcarse en la investigación relacionada con la "Paciente X". Al final de la quinta temporada, El Fumador quema la oficina de los Expedientes X.