Entre la temporada 5 y la Temporada 6 se encuentra la película de Expediente X de la que se habla en otro apartado.
Después de estos hechos, ambos agentes, que han sido reasignados, se enfrentarán a su misión más difícil The X-Files: Fight the Future (la película). Después de esta aventura, el agente Mulder no puede demostrar sus hallazgos (una base de experimentación extraterrestre en el Polo Sur); así que los Expedientes X son reabiertos pero sin contar con Mulder y Scully.
En su lugar, El Fumador coloca en la oficina a su propio hijo: el agente Jeffrey Spender (cuya madre es Cassandra Spender, la paciente X). Mulder y Scully son reasignados por un tiempo dedicados a asuntos triviales.
Cuando un grupo de rebeldes extraterrestres –"Los Hombres Sin Rostro"– se enfrenta a los colonizadores y extermina al Sindicato, Mulder y Scully regresan a su puesto habitual. Conocemos más sobre el pasado de El Fumador y su nexo con el padre de Mulder, que se desvelará en la siguiente temporada.