La Temporada 7 es una de las más míticas, y no sólo por el apabullante final, sino por la calidad de los casos del "Monstruo de la Semana", aunque aquí comentaremos lo que viene siendo la Conspiración.
Tanto el padre de Mulder como el Fumador trabajaron juntos en la conspiración y sacrificaron a su familia como parte del trato con los alienígenas. Bill Mulder tuvo que escoger entre entregar a su hijo o a Samantha... El Fumador dispara a Jeffrey, acusándolo de "haberlo fallado".
La cruzada personal de Mulder parece terminar cuando acepta que su hermana está muerta (Closure" (7x11)). A estas alturas, su relación con Dana ha adquirido claramente un carácter romántico: con motivo del nuevo milenio se dan su primer beso.
Otro caso ("Réquiem" (7x22)) les lleva de nuevo a Oregon, donde comenzó la serie, siete años atrás. En esta ocasión, están desapareciendo personas que ya han sido abducidas antes. La clave está en una nave espacial accidentada en el bosque, la cual permanece invisible.
El Fumador, muy enfermo, envía a Krycek a hallar la nave. Mulder teme por Scully, que no se siente bien últimamente. Ambos se muestran bastante cariñosos en esta aventura, que da un vuelco cuando Mulder es abducido. Skinner lleva la noticia a Scully, que a su vez le sorprende con la noticia de que está embarazada.