La Temporada 8 tiene marcado un fuerte carácter de búsqueda, la búsqueda que realiza Scully para encontrar a su (ya amado) abducido compañero.
Aparece un nuevo personaje: el agente especial John Doggett, que es asignado para dirigir la búsqueda de Mulder. El embarazo de Scully avanza y descubrimos que su hijo será "especial".
El nuevo agente John Doggett es el contrapunto de Mulder y ocurre un "cambio" de papeles entre los ahora protagonistas. Mientras la escéptica Scully empieza a creer, es ahora Doggett quien es totalmente escéptico.
Es una relación que en principio intenta suplantar a la de Mulder y Scully de las primeras temporadas. Aunque lo bueno que tiene el agente Doggett es que no intenta que el público se olvide de Mulder, sino que con sus diferencias se respeta más al nuevo caracter.
Durante toda la temporada Mulder aparece en pequeños sueños de Scully, donde obseva aterrorizada como experimentan con él. Al final de la octava temporada Mulder es devuelto muerto (con una Scully abatida) y deciden enterrarle. Capítulos después descubren que quizás haya forma de salvarle y así lo hacen.