En el principio de la última temporada, Mulder es salvado de la aparente muerte en la que lo tenían los extraterrestres, aunque como bien dice Mulder debe partir y vivir en lugares donde los extraterrestres lo puedan encontrar, por ello decide apartarse de Scully.
Durante esta temporada se descubre que el hijo "especial" que tiene Scully es de Mulder, y ésta intenta cuidarlo durante toda la temporada hasta que observa que no puede cuidarlo más y lo da en adopción.
En el último episodio de la serie todo parece perdido ("The Truth" (9x19)), cuando Mulder es detenido y condenado a muerte tras asaltar unas instalaciones del Gobierno donde descubre "LA VERDAD".
Doggett y Skinner ayudan a Mulder a escapar y a huir con Scully. El prófugo conduce hasta unas ruinas Anasazi en Nuevo México, donde le han dicho que encontrará el último eslabón de la cadena que conduce a La Verdad: un "hombre sabio".
Los agentes no lo pueden creer cuando allí encuentran al "Fumador", que en teoría había sido asesinado por Krycek. Éste les revela la conspiración del gobierno y que la invasión extraterrestre está fijada el 12 de diciembre de 2012, esa era la Verdad que había descubierto Mulder, pero que tenía miedo de contar a Scully. Tras la conversación el lugar es destruido pero Mulder y Scully logran escapar. Deciden que ya no se puede hacer nada y esperarán hasta ese día viviendo enamorados el uno del otro.