Al principio, Skinner es reacio a creer en el Agente Mulder y su búsqueda de lo paranormal, aunque en ocasiones, especialmente en las primeras temporadas, es difícil de clarificar si su puesto es totalmente independiente o sus acciones son controladas por personas como El Fumador. A medida que avanza la serie, Skinner comienza a tener más confianza en el trabajo de Mulder y Scully, hasta llegar a convertirse en su aliado.