La Serranía de Cuenca forma parte del Sistema Ibérico, y como tal constituye un sector de la España Alpina, unidad morfoestructural que se generó a partir de la orogenia del mismo nombre que se produjo en la era terciaria. La Serranía está constituida por rocas de la era Secundaria que reposan sobre el zócalo paleozoico. Las rocas que predominan en la Serranía son las calizas de edad mesozoica, aunque alternando con otras de carácter detrítico o evaporítico, más deleznables (arcillas, areniscas, yeso…). Esta alternancia se debe a que este sector, como otros del Ibérico, fue durante muchos millones de años el borde de las zonas litorales de los mares mesozoicos.