La historia de Novaliches está ligada a la historia de Jérica. Durante la dominación musulmana dependía del Rey Taifa de Jérica, y con la reconquista, Jaime I la cedió a Fernández de Azagra, incorporándose a la baronía y ducado de Jérica.
      En el año 1366 Novaliches es poblada de cristianos por D. Juan Alfonso de Jérica y comienza a vivir una época de bienestar y disfrute de privilegios.
      El 17 de Mayo de 1429 es vendida, junto con otros términos, a Francisco Zarzuela I por 5000 libras. Esta familia no goza de buena reputación a causa de su mala gestión administrativa, abusos y hechos injustificados.
      Abandonada la población por los cristianos, esta es poblada por moros procedentes de Gaibiel.
      Tras diversas luchas y litigios entre los herederos de Francisco Zarzuela, se produce un levantamiento secundado por segorbinos y Miguel Zarzuela es ajusticiado. La aldea es adquirida por Jerónimo Pérez y su mujer, que la venderán al Duque de Calabria.
      Este Duque no era bien aceptado entre la población de Jérica ni Novaliches que a la muerte del mismo, en el 1564, quedan incorporadas a la Corona Real.
      A mediados del siglo XIX, durante las guerras carlistas, el General Pavía y Lacy recibe el apoyo de los habitantes de Novaliches contra las tropas carlistas del General Serrano, derrotándolas en la batalla.
      Manuel Pavía recibió el título de Marqués de Novaliches, y en agradecimiento a los habitantes de Novaliches, regala un cáliz de oro y plata con pedrería incrustada de esmeraldas y amatistas para uso en la iglesia de San Miguel, donde se imploró ante la imagen del Santo antes de la batalla.