Hay constancia que los primeros pobladores eran íberos por los restos encontrados en Cabec de Mariola o de la Cova, Cabec de Serrelles, Cabec de les Monserraes, Lloma de Carbonell y la Cova Bolumini. Fue un lugar musulmán como lo demuestra su nombre árabe “alfawara” que significa fuente o surtidor y que, probablemente hace referencia a la Peña del Chorro, salto de agua que cae con fuerza en épocas de lluvia.
Después de la conquista de Biar por Jaime I de Aragón, sobre al año 1245, este lugar musulmán se concede en señorío a Ximén Pérez d´Oriz en el año 1250, y posteriormente en 1292, fue vendida a Pedro de Artés.
En el año 1370, el rey Pedro IV el Ceremonioso, lo incorpora a la villa de Bocairente, de la cual se separa en 1632, por Felipe IV, mediante la concesión del título de Universidad de Alfafara.
Canónicamente la parroquia de Alfafara está ligada a la de Bocairente desde el año 1437, por decisión del arzobispo Fray Tomás de Villanueva, ratificada después por la bula de San Pio V, en el año 1566 hasta 1782, concediéndole la potestad de ser parroquia independiente.
Hasta el año 1707 la población queda incorporada a la Gobernación de Játiva y después hasta el año 1833, a la Gobernación de Montesa. A partir de esta fecha se incorpora a la provincia de Alicante, perteneciendo actualmente al partido judicial de Alcoy.
