Entre los formatos comúnmente utilizados para los libros electrónicos se encuentran los siguientes:
- GENÉRICOS:
- EPUB: Es un formato libre desarrollado por el IDPF (International Digital Publishing Forum). Se trata de un XML basado en tres estándares de código abierto (open source), como son Open Publication Structure (OPS), Open Packaging Format (OPF) y Open Container Format (OCF). Hablar de un formato XML de código abierto significa que cumple unos estándares, que no está sujeto a los caprichos de ninguna empresa, y, sobre todo, que no tendrá ningún problema de perdurar. De este modo, los libros adquiridos en este formato pueden funcionar indistintamente en diferentes lectores, a diferencia de los libros bloqueados con DRM como por ejemplo los que ofrece Amazon en formato Kindle. Es una actualización del antiguo formato llamado Open eBook (.opf)
- OEB: Es un formato libre. Open eBook es un formato estándar. Viene patrocinado por el consorcio NIST (Instituto Nacional para Estándares y Tecnología de los Estados Unidos). En dicho consorcio se agrupan los principales proveedores de contenidos así como las principales empresas de dispositivos y desarrolladores de programas y software para generar y distribuir ebook. El OEB no es más que un lenguaje de marcado perteneciente a la familia XML.
- OPF: Paquetes de libros digitales de código abierto OEB. Es un archivo ZIP más un archivo de manifiesto. Dentro del paquete se define un subconjunto de XHTML. La extensión de archivo por defecto es. OPF
- DJVU: DjVu es un formato libre que se especializa en y en particular destaca en el almacenamiento de imágenes escaneadas. Incluye compresores avanzado optimizado para imágenes de color y documentos de texto. Los archivos individuales pueden contener una o más páginas. La ventaja de DjVu es que es posible tener una alta resolución de escaneo (300-400 ppp), suficiente tanto para la lectura en pantalla y la impresión, y almacenarla de manera muy eficiente.
- PDF: Adobe Portable Document. Entre sus ventajas se puede citar su portabilidad y su estandarización ISO. Es el formato más utilizado debido a su fácil uso en el enorme parque instalado de PCs, ordenadores portátiles y netbooks. Entre sus desventajas se puede citar que no es repaginable como por ejemplo, Mobipocket o el estándar EPUB.
- NATIVOS:
- AZW: Amazon Kindle (.azw) es el formato creado para dar soporte al lector de libros electrónicos comercializado por Amazon. Está basado en Mobipocket, con una pequeña diferencia en el esquema del número de serie (utiliza un asterisco en lugar de un signo de dólar). Tiene su propio formato DRM. La extensión en el nombre de fichero para los eBooks protegidos del Kindle es .azw en lugar de las tradicionales .prc o .mobi de los mobipockets.
- PDB: Formato de Palm Digital Media, con un buen soporte por parte de smartphones y pdas, ya que hay versiones del software de lectura para iPhone, PalmOS, Symbian, BlackBerry, Windows Mobile...
- FB2: FictionBook es un formato XML para el almacenamiento de libros donde cada elemento del libro es descrito por etiquetas. El objetivo principal para el almacenamiento de libros en el formato FictionBook es su precisión de mantenimiento de la estructura del libro acompañado de la prestación de esfuerzo de conversión (incluyendo automático) de los archivos FictionBook a otros formatos populares: TXT, DOC, RTF, HTML, etc. Además de que, muchas aplicaciones de lectura permite leer el formato FictionBook sin convertir.
- IRF: Este es el formato nativo de Sony. Se trata de un formato propietario, sin software de lectura conocido por dispositivos que no son de Sony. La extensión de archivo LRX representa un eBook cifrado DRM.
- BBEB: Otro formato de Sony que muere por un bien mayor. Un formato propietario de libros electrónicos que han utilizado incluso sus últimos PRS-600 y 300. Tal y como anunciaron hace meses, este formato morirá para pasar todo su catálogo al formato abierto ePUB.
Los derechos de Autor en Libros Electrónicos se ejercen por con Digital Rights Management (DRM=(Gestión de Derechos Digitales), con esta definición se entiende el conjunto de tecnlogías (hardware y software) orientadas a ejercer restricciones sobre los usuarios de un sistema para garantizar la protección de los derechos digitales de archivos sujetos a derechos de autor, los cuales se basan en la encriptación de datos, permitiendo a los dueños del contenido o proveedor controlar cómo pueden acceder los distintos usuarios, incluyendo la cuestión de licencias y desencriptación en el dispositivo del cliente.
El problema de los Derechos de Autor es el mayor inhibidor para la proliferación del libro digital.
En efecto, es difícil que un autor profesional esté dispuesto a publicar sus libros electrónicamente si cree que no va a poder cobrar el fruto de su trabajo porque su obra será pirateada (copiada sin pagar su precio) en vez de comprada.
Lo mismo puede decirse de las empresas editoras y distribuidoras, que temen que sus costes de producción no se recuperarán debido al pirateo.
Este tema está muy ligado al de los formatos, porque se considera que los libros digitales deben poderse distribuir encriptados (del inglés "encrypted", cifrado) si se desea. Se dice también que los libros no cifrados se "compilan" antes de ser distribuidos comercialmente, por analogía con el procedimiento necesario para la distribución de software.
Estos formatos compilados parten de alguno de los que hemos expuesto y los transforman usando claves de protección secretas, de forma tal que a partir de aquel momento sólo sus legítimos propietarios pueden manipularlos. La clave es necesaria tanto para leer el libro como para traspasarlo a otro equipo (es decir moverlo pero no copiarlo) o incluso prestarlo durante un cierto período de tiempo predeterminado.

La tinta electrónica o papel electrónico es una tecnología que permite crear pantallas planas, tan delgadas como un papel, y con una flexibilidad que permite que se puedan enrollar. Estas pantallas representan información en blanco y negro y no permiten visualizar imagen en movimiento. En 2007 apareció el primer papel electrónico en color.