Con "Navigation" nos referimos a la manera en la que se lee el texto, cómo está estructurado el circuito de lectura.

Como podemos observar, cada palabra del dibujo es el título del fragmento al que lleva, y este fragmento tiene una estrecha relación con su título, ya que se habla de esa palabra o aparece en el texto.
A su vez, en cada fragmento hay dos links que llevan a otros fragmentos con los cuales también están relacionados, bien sea porque se refiere al título del fragmento.

Esta manera de construir la navegación es una técnica que la autora usa actualmente muy a menudo. Es un buen ejemplo  su obra "Disappearing Rain" , en la que hace tres usos diferentes de una palabra como  link: las primeras palabras "link" se convierten en links de otros secundarios, los cuales a su vez llevan a  una página de una novela misteriosa. En el caso de Stained Word Window ocurre lo mismo, sólo que las palabras "link" tienen alguna relación con la parte a la que llevan.
 
De todos modos, analizaremos estas uniones más profundamente en el apartado "relación de significado".