Un sistema de ficheros es el modo en que el sistema operativo organiza los ficheros en el disco duro, gestionándolo de manera que los datos estén de forma estructurada y sin errores.

La estructura de ficheros de Linux es una estructura jerárquica en forma de árbol invertido, donde el directorio principal (directorio raíz) es el directorio /, del que cuelga toda la estructura del sistema:

Linux admite nombres de fichero largos y se puede utilizar cualquier carácter excepto /. De todas maneras no es recomendable usar los siguientes caracteres, por tener significado especial en Linux:

            \ ^ ~ ! # ? & ( ) ´ " ` ; · $ = ¿ ¡ < > @ { } * + -

A la hora de diferenciar un fichero de otro, Linux distingue mayúsculas y minúsculas, por lo que los ficheros "texto1.txt" y "Texto1.txt" son ficheros distintos.