Heracles era hijo de una mortal, Alcmena, nieta de Perseo, y su padre oficial era Anfitrión, esposo de esta e hijo de Alceo, también nieto de Perseo. Pero su verdadero padre era Zeus , aunque tenía un hermano gemelo llamado Íficles, cuyo padre era Anfitrión. Mientras Anfitrión estaba ocupado en vengar a los hermanos muertos de Alcmena, Zeus aprovechando su ausencia, tomó la figura de él y, asegurando a Alcmena que sus hermanos estaban vengados, puesto que, en efecto, Anfitrión había ganado la victoria aquella mañana misma, yació con ella toda una noche a la que dio la duración de tres. Para ello, Hermes, por orden de Zeus, había mandado a Helio que apagase los fuegos solares y a las Horas que desunciesen su tiro y se quedasen al día siguiente en casa; porque la procreación de un paladín tan grande como el que se proponía engendrar Zeus no se podía realizar apresudaramente. Hermés ordenó luego a la Luna que siguiese lentamente su órbia y al Sueño que amodorrase a la humanidad de la modo que nadie se diera cuenta de lo que sucedía. Alcmena, completamente engañada, escuchó complacida el relato de Zeus acerca de la aplastante derrota, y holgó inocentemente con su supuesto marido durante aquellas treinta y seis horas. Al día siguiente, cuando Anfitrión volvió rebosante de entusiasmo por la victoria y lleno de pasión por ella, Alcmena no le acogió en el lecho matrimonial con el arrobamiento que él esperaba. “Anoche no cerramos los ojos-se quejó ella- y seguramente no esperarás que escuche por segunda vez el relato de tus hazañas”. Anfitrión, que no pudo comprender esas palabras, consultó con el adivino Tiresias, quien le dijo que Zeus se había hecho pasar por él la noche anterior. Nueve meses después, en el Olimpo, Zeus se jactó casualmente de que había engendrado un hijo que estaba a punto de nacer, y que gobernaría la noble casa de Perseo. Al oir esto, Hera le hizo prometer que si a la casa de Perseo le nacía algún príncipe antes de anochecer sería Rey Supremo. Cuando Zeus hizo al respecto un juramento inviolable, Hera fue inmediatamente a Mecenas, done apresuró los dolores de parto de Nicipe, esposa del rey Esténelo. Luego corrió a Tebas y se sentó con las piernas cruzadas ante la puerta de Alcmena, con las ropas atadas en nudos y los dedos fuertemente entrelazados; de este modo demoró el nacimiento de Heracles hasta que Euristeo, hijo de Esténelo, sietemesino, estuvo ya en su cuna. Cuando nació Heracles, con una hora de retraso, se encontró con que tenía un hermano mellizo llamado Ificles, hijo de Anfitrión y una noche más joven.[Otra versión]
Cuando Hera volvió al Olimpo y se jactó tranquilamente, Zeus fue presa de una gran ira; asió a su hija mayor Ate, quien le había impedido ver el engaño de Hera, juró que nunca volvería a visitar el Olimpo, la hizo girar alrededor de su cabeza seujetándola por la cabellera dorada y la lanzó a la tierra. Aunque Zeus no podía violar su juramento y permitir a Heracles que gobernase la casa de Perseo, convenció a Hera para que accediese a que se conviertiese en un dios tras su muerte. Consideraciones al respecto:
El natalicio de Heracles se celebra el cuarto día de cada mes; pero algunos sostienen que nació cuando el Sol entraba en el Décimo Signo; otros que la Osa Mayor, girando hacia el oeste a medianoche sobre Orión- lo que hace cuando el sol abandona el duodécimo signo- lo contempló en su décimo mes.