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Durante su mandato como vicepresidente el gobierno de los Estados Unidos firmó simbólicamente el Protocolo de Kyoto, que no pudo entrar en vigor a causa de la Resolución Byrd-Hagel aprobada poco antes por el Senado. También en 1999 se firmó el Plan Colombia que utilizaba como método sistemático las fumigaciones aéreas con un tipo de herbicida, el glifosato, a poblaciones y plantaciones de coca. Finalmente, en marzo de 2000 fue confirmado como candidato del Partido Demócrata a los comicios que se celebrarían en el mes de noviembre; el político demócrata estuvo a punto de convertirse en presidente del país en el año 2000. Consiguió en todo Estados Unidos unos 300.000 votos más que su contrincante George W. Bush. Pero el complejo sistema electoral de Estados Unidos y el dictamen del Supremo, impidieron su llegada a la Casa Blanca y George Walker Bush, a pesar de que la validez de estos resultados fue muy discutida, fue quien se convirtió en presidente del país.
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Tras levantar una gran expectación en todos los estados, no se presentó a las primarias demócratas de 2004; entonces decidió apoyar la candidatura fallida de Howard Dean.
Tras perder las elecciones de 2000, Gore se convirtió en profesor de periodismo por algunos meses, y después volvió a dar conferencias sobre ecología. En septiembre de 2002 condenó fuertemente la política de Bush en Iraq, considerándola “una distracción” y acusando a Bush de ensuciar la imagen de Estados Unidos en el extranjero.